ジュニアのボケは進んでいる。ジャニスは介護付きホームに入れたほうがいいとトニーに勧めるがトニーはそれを拒否する。
ユージーンに叔母の遺産が約２００万ドル入る。フロリダで家を買うので組織を抜けさせてくれとトニーに頼むがトニーは即答を避ける。
ＮＪのやり方に不満を述べるフィルに刑務所のジョニーは気持ちはわかるとしながらも、戦争を始めるなと釘をさす。
ヘッシュが娘婿との食事の帰りにＮＹのジェリー・タチアーノに襲われる。娘婿は大怪我をしＮＹがＮＪに補償をすることになるが、大きくＮＪがＮＹに譲歩した形になる。クリスは不満を述べるがトニーは弟を殺されて恨みのくすぶっているフィルに対する戦略だと答える。
レイモンドはＦＢＩのサンスバリーノにトニーがアンジェロ・ガレペ殺しについて話すテープを渡している最中に心臓発作で死亡する。ＦＢＩのハリスがテロ対策本部に移動になる。
カーメラの建売住宅は強度の問題で建築許可が受けられなかった。
ユージーンはトニーに遺産の一部を献上したり、クリスに頼まれた殺しまでするがシルビオから伝えられたトニーの答えはＮＯだった。組織を抜けられないことを妻に激しく責められ、息子もまだクスリをやっている。その上ＦＢＩの協力と引き換えのフロリダ行きの口約束もレイモンドが死んだせいで無効になり、絶望したユージンは自宅のガレージで首を吊る。
妹のバーバラから夫の具合が悪くなったから代わりにジュニアを見てくれとトニーに電話が入る。渋るジャニスとバカラの代わりにトニーはジュニアの面倒を見に行く。ボケが進行してプッシー・マランガに狙われていると思い込んでいるジュニアはトニーを銃で撃つ。

撃たれたトニーは昏睡状態で病院にいる。医師によるとダメージは大きく見通しは明るくない。ユージーンの葬儀の日、シルビオがトニーの代理ボスになることがメンバーに知らされる
ジュニアは心神喪失状態でトニーを撃ったことを証明するためにテストを受ける。
カーメラとメドウがつきっきりでトニーの看病をするなか、アンソニーは病院の玄関前でマスコミのインタヴューを受けたりで全く役にたたない。そのうえ大学を辞めたことを打ち明けカーメラを激怒させる。
昏睡中で夢の中のトニーはコスタメサの街に出張で来ている。コンベンションに参加するためにＩＤを出すとそれはトニーのものでなくケヴィン・インフィニティという男のものに変わっている
カバンを取り違えたと思ったトニーは立ち寄ったバーで待つがケヴィン・フィニティはいっこうに現れない。そのうちケヴィン・フィニティと間違えられ、僧に平手打ちをされたり、階段から落ち医師にアルツハイマーと同じ症状が出ていると診断されたりと、しだいにトニーは自分が誰だかわからなくなってくる。

ポーリーはヴィトーから得た情報でコロンビア人のマネーロンダリング屋を襲い大金をせしめる。代理ボスのシルビオはその金のポーリーとヴィトーとの分配の割合を決定しなければならない。その上、ユージーン亡き後のローズヴィルの賭博の件もバカラとヴィトーでもめている。皆が裁定をせっつきシルビオは心の休まる暇がなく持病である喘息の吸引器が手放せない。
脚本家のＪＴは講義の最中に拉致され、借金をチャラにしてやるから映画の脚本を書くようクリスに脅される。映画はリトル・カーマインとクリスの共同プロデュース、出資者はＮＹとＮＪだ。
ヴィトーとポーリーはシルビオにコロンビア人の金の分配の裁定を受け、その中から１０万ずつカーメラに納めろと言われる。しかしふたりともトニーが死んだ場合を考えなかなかカーメラに渡さない。
ローズヴィルの件でバカラに深夜家に押しかけられた翌朝シルビオは喘息の発作を起こし救急車で運ばれる。
夢の中のトニーは自分が誰なのかそしてどこに行くのかわからず混乱している。
フィニティ家の集いのパンフレットを見つけたトニーは会場へ向かう。そこにはトニーＢがいて皆そろっているから屋敷の中へ入れという。トニーは何故か怖くなり入るのをためらっていると遠くでトニーを呼ぶ子供の声がする。目を開くとメドウが枕元で「パパいかないで」と叫んでいる。トニーの意識が戻った。
ポーリーとヴィトーはカーメラに１０万ドル渡す。

トニーは日々回復に向かっている。
歩けるようになったトニーには撃たれたことが宣伝効果となってＣＤがヒットチャートに上ったラッパー、ダ・ラックスやＤＥＬＬ研究所の科学者ジョン・ジョーシュインなど入院仲間が出来る。死の淵を彷徨ったトニーは牧師の言葉よりも科学者ジョン・ジョーシュインの別々に見えるものもすべてひとつの存在だという話に心惹かれる。
ＮＪ傘下のごみ収集会社のバローネの社長が死にその息子ジェイソンは突然会社の今後をまかされる。何故トニーが会社で二番目に高い給料をもらう社員なのか裏事情を知らないジェイソンはＮＹ傘下のチネッリ社に会社を売却することにする。ポーリーにトニーのところへ連れて行かれたジェイソンは売却を待ちこの業界の流儀に従うように警告される。
ポーリーは尼である叔母に死の床に呼び出され自分が本当の母親だと知らされる。真実を知ったポーリーは激しくショックを受ける、そしてヌッチに怒りをぶつけ二度と会わない宣言する。
ジュニアの件でトニーに詫びたバカラは自分との義理の関係に甘えずに皆に評価される奴になれといわれる。ダ・ラックスにプロデュースしてもらう予定だったラッパーに自分が同じように撃って話題にしてやると持ちかけ実行、７０００ドルを手に入れる。そしてトニーにあがりを献上する。
トニーの言葉を無視してジェイソンが会社を売却したせいで収拾ルートでバローネ社員の半殺し事件が起こる。ポーリーとパッツィはジェイソンを脅し、トニーはジェイソンを激しく恫喝する。トニーの病室にジェイソンの母親がやってきて息子を許してやって欲しい懇願する。その必死の姿を見てポーリーは涙する。
トニーは無事退院する。

ジョニー・サックの娘アレグラが結婚する。ジョニーは６時間以下、連邦保安官の監視下のもとその他諸費用すべてジョニー持ちで外出が許可される。
トニーは退院後初めてサトリアーレへ顔を出す。メンバーたちはトニーを歓迎し病み上がりの体を気遣う。フィルも訪れトニーにラスティ暗殺を依頼するがトニーは断固拒否をする。
ジュニアは精神鑑定の結果認知症が認められ施設へ移送される。
アレグラの結婚式、ボディチェックで靴を脱ぐように言われたトニーはかがんだ瞬間よろめき皆に抱きかかえられる。
結婚式は滞りなく進み、ジョニーとトニーは久しぶりの再会を喜ぶ。改めてジョニーからラスティの件を依頼され最初は拒否するが結局承諾する。ハネムーンに旅立つアレグラを祝福するゲストの前でジョニーの外出時間はタイムアップになる。ジョニーは手錠を掛けられ連行されながら涙する。その姿を見たジニーは倒れる。フィルは衆人の前で弱弱しい姿をみせたボスのジョニーを批判する。
ヴィトーはレザーファッションでゲイクラブで踊っているところをクラブに集金に来たサルに目撃される。
トニーは退院してから周りの自分を見る目に不満を感じているとメルフィーに話す。メルフィーは人は目に見えるところしか見ないと言う。トニーはサトリアーレでメンバーの前で新しい若い屈強な運転手ペリーを殴り叩きのめす。

アルコール依存症の集会に出たクリスとマーマーはヨンカースのケヴィン・ムッチという男に声をかけられいとこのサルがゲイバーでいヴィトーを見たという話を聞かされる。クリスは早速その話をバダ・ビンに持っていくがメンバーたちは懐疑的だ。しかしフィンが工事現場で目撃した出来事を証言しヴィトーのゲイ疑惑は疑いの無いものになる。フィルはヴィトーを殺せと鼻息が荒い。ヴィトーはニューハンプシャーに逃げている。
トニーはイタリアから殺し屋を呼び寄せラスティ殺害の手筈を整えるようクリスに指示する。
亡きビッグプッシーの妻アンジーは今は自動車工場だけでなく金貸し業もやって男並みに忙しい。カーメラはアンジーはすっかりあちら側の人間になってしまったのねとつぶやく。カーメラの建売住宅は建築許可が下りないためストップしている。
トニーはカルロにヴィトーの建築の仕事を引き継がせる。メンバーたちは組織の名誉のためにもとにヴィトーの処分を求めるがトニーは好き嫌いで仕事をしているんじゃないヴィトーは稼ぎ頭だとと撥ね退ける。シルビオはメンバーに不満をためさせるとアガリが減るぞと進言する。
トニーはメルフィーにゲイ批判をしながらもヴィトーのことをたいしたことじゃないやり直すチャンスを与えてやってもいいんじゃないかと打ち明ける。

イタリアからのヒットマンはラスティ殺しを成功させる。用心深いトニーはフィルに礼を言われてもなんのことだととぼける。 アーティの店でＮＹとＮＪの新メンバーの歓迎会が行われる。そこでアーティの腕が落ちたという話になり腕のいい若いシェフのいるダ・ジョバンニという店の話題で盛り上がる。最近では客はジョバンニに流れアーティはトニーにグチる。ベニーはアーティの店のウエイトレス、アーティがコナをかけていたマティーナと懇ろになる。
クリスはトニーにロス行きを打診する。リトル・カーマインのツテでベン・キングスレーにクリスの映画の主役交渉ができることになった。トニーは最初は渋るがメリットとして大金が入ることをクリスがあげるとロス行きを承諾する。クリスがいない間、ベニーとマーマーはアラブ人を使ってカード詐欺をはじめる。その中にはアーティの店も入っている。自分の店が使われマティーナも結託していたと知ったアーティは激怒しベニーを病院送りにする。トニーはバカなことをしたとアーティを非難、が、ベニーにも自分の幼馴染の店で詐欺をしたことを責めベニーの両親の記念日をジョバンニでなくアーティのレストランで開くように命じる。ベニーとアーティは握手をするがアーティがマティーナの名前を連想させるカクテルをベニーの妻に勧めたため怒ったベニーはアーティの腕を煮えたぎるトマトソースの中に突っ込む。
キングスレーは主役話に全く乗り気でない。クリスはキングスレーについて入ったデラックス・ラウンジ、高級ブランドが惜しみなくタダで俳優たちに商品をプレゼントされるシステムに大きな興味を抱く。結局キングスレーに話は断られ、クリスはキングスレーに紹介されたローレン・バコールのバッグを奪ってトニーの土産にする。トニーはクリスが留守にしなければベニーたちもきちんと監視できた筈だという。クリスはアドリアーナのことを口に出すがトニーは何度そのカードを使う気だと言う。

アンソニーは毎夜ＮＹでのクラブ遊びを止めない。金が必要ならバイトを増やすかそれか大学に戻ったらというトニーとカーメラのアドバイスにも耳を貸さない。クラブではあのトニー・ソプラノの息子ということで高い支払いを任せられ、トニーを撃ったジュニアへの処遇を尋ねられる。アンソニーはトニーにジュニアのことをどうするか尋ねるがトニーはこれは自分の問題でおまえには関係ないと釘を差す。トニーはアンソニーのことをメルフィーに愚痴るが近頃の子供は心の成長が遅いのだという。トニーとカーメラがアンソニーに期待していると伝えることが大切だとアドバイスをする。
ニューハンプシャーのヴィトーは馴染みのダイナーの店主ジムの消火活動をする勇敢な姿に惹かれる。酒場での帰りふたりはいいムードになるがすんでのところでヴィトーはジムを殴る。激しい殴り合いになりその気がないなら色目を使うなとジムになじられる。しかしヴィトーは後日ジムのダイナーを訪ね謝罪する。ふたりはバイクでピクニックに出かける。
トニーの持っているフランク通りのビルをジャンバジュースが欲しがっていると不動産会社のジュリアナ・スキフがやってくる。ビルの中には古くからの地域になじんだ店が入っていてトニーは店主のためにも地域のためにも売る気はないと答える。
アンソニーはナイフを持ちジュニアの面会に行く。ジュニアを前にしたアンソニーはナイフを落とし職員に取り押さえられる。連絡を受けて警察にアンソニーを引き取りに行ったトニーはゼルマンの口利きがなかったら殺人未遂だと激昂する。それからアンソニーにきちんと大人になれと諭す。後日クラブに出かけたアンソニーはパニック発作で倒れる。
ジャンバジュースが値上げを再三打診してきたこと、ジュリアナに惹かれたことで結局トニーは契約はジュリアナの部屋で、とビルを売ることにする。ジュリアナとそうなりかけた時、突然トニーをカーメラへの罪悪感が襲う。そのままトニーは家に戻るが、冷蔵庫にスモークターキーが入ってないとカーメラに当り散らす。

クリスの新しいガールフレンドケリーが妊娠をする。ケリーは謝るがクリスはケリーにプロポーズする。報告を受けたメンバーたちはシャンペンでクリスの結婚を祝う。
聖エルゼア祭を長年仕切ってきたポーリーは打ち合わせに教会に行くが新しい神父は１万だった上納金を５万にしなければ聖エルゼアの像の被る金色の帽子は貸し出さないという。
トニーとクリスはペンシルバニアでのビジネスの帰り道に迷う。途中リカーショップの倉庫から高級ワインを盗み出しているバイカーを発見する。ふたりはそのワインを自分たちの車に積み込む。撃ちあいになるがまんまと逃走。ステーキハウスで乾杯をする。その後駐車場でふたりは今までの思い出と絆について語り合う。クリスの頭にアドリアーナのことをトニーに打ち明けた日のことがフラッシュバックする。
聖エルゼア祭が始まる。ポーリーは検査の結果癌の疑いがあるとＤrシポーラから電話で告げられる。カーメラはアドリアーナの母に祭りで会う。リズはアドリアーナはクリスに殺されたのだという。
エルゼア像は金の帽子を被らないまま行進を行う。ジャニスはニカとともに祭りのコーヒーカップに乗るがそれが事故を起こしけが人が出る。癌のことで頭がいっぱいのポーリーは処理をリトルポーリーに任せる。バカラが遊具会社のオーナーに殴りこみ保証金を要求するが彼は整備が必要だと言ったのに金をケチったポーリーが忠告を無視したと話す。バカラはポーリーに詰め寄る。トニーはポーリーに祭りにマイナスイメージをつけるなと怒る。ポーリーは癌の疑いがあることをトニーに告白、トニーは病は気からだとポーリーを力づける。
トニーの命令で早朝バダ・ビンで客を待つポーリーは舞台にマリア像が浮かぶのを見る。
ヌッチのもとに来客がある。ポーリーだった。ヌッチーはポーリーを招き入れ二人は黙ったままソファに並びテレビを見る。

ジョニー・サックの裁判が近づく。ジニーに家を残してやりたいが寝返りは絶対しないというジョニーのために彼の弁護士は奔走する。財産の９割を抑えられているジョニーはジニーの弟インファントを使い出資しているニューオリンズの重機会社をトニーに売却してくれと頼む。トニーは交渉に出向くがハリケーンカトリーナのための見込み利益が大きいためオーナー兄弟は売却を渋り交渉は難航する。
ジャニスはトニーに、バカラの出世をせっつく。 トニーはメルフィーにさっさと家を出てリビアを押し付けていったジャニスにはなにもやりたくないとぶちまける。ひとりぼっちのジニーのためにカーメラたちがサプライズのバースディパーティを開く。パーティに参加したジャニスはあからさまにジニーの家をうらやましがる。
ジムはヴィトーが本当は作家ではないことに気づく。ジムは隠し事だらけのヴィトーを責める。ヴィトーは作家でないこと、ニュージャージーから来たこと結婚していたことを話し、ふたりは同棲を始める。金のないヴィトーのためにジムは仕事を紹介するが、堅気の仕事はヴィトーには耐えられないものだった。ヴィトーはジムに黙ったまま家を出、ニュージャージーに戻ろうとするが道中事故を起こし警察を呼ぶという相手の運転手を撃ち殺す。
ジョニーは結局１５年の刑期と４１０万ドルの没収、家は残り娘の生命保険、ジニーの退職金も残りその代わり有罪答弁をするという司法取引に応じる。裏切りはしなかったものの有罪を認めたジョニーをＮＪとＮＹは非難する。
インファントが重機会社の件をせっつきに来る。ふと気の変わったトニーは重機会社売却の取り分は減らしその代わりジニーの家を安くジャニスに売るよう頼む。
念願の家を手に入れたジャニスは号泣しながらトニーに礼を言う。

アンソニーはバイト先の備品を売ってアルバイトを首になっていた。そして相変わらず反抗的だ。メドウはフィンについてカリフォルニアに行くという。カーメラは眠れない。建売住宅のことも含め休養をとるためにトニーはエルゼア祭のチャリティで手に入れたチケットでのパリ行きを勧める。
ヴィトーはトニーを尾けていた。ヴィトーは自分はゲイでないと言い張り、建築はあきらめアトランティクシティで水商売をさせてくれと頼む。トニーはメンバーたちに話すが皆、ヴィトーの処分を求める。その上フィルもヴィトーが戻ってきたことに気づきトニーはフィルの機嫌を損ねてはビジネスに差し支えがあると判断しカルロに殺害を指示する。しかしフィルはカルロが実行をする前にヴィトーの部屋に潜みファット・ドム、ジェリーと共にヴィトーを惨殺する。
ロザリーとパリに来たカーメラはパリの建造物に畏怖の念を抱く。そして長い歴史を経たそれらに人生の儚さを感じ感極まる。カーメラはアドリアーナの夢を見る。
セラピーでメルフィーはトニがカーメラに守られているアンソニーに腹が立つのはトニーが本当はリビアにジョニーから守って欲しかったからだという。トニーは友達とＴＶゲームに興じるアンソニーをガレージに呼び出し、朝７時からの工事現場のバイトを言い渡す。真面目に話しを聞かないアンソニーに車のガラスを割り”オレを試すなよ”と凄む。
ＮＹのファット・ドムがサトリアーレに支払いにやってくる。カルロとシルビオはファット・ドムがしつこくヴィトーにからんだジョークを言ったため激昂。発作的に殺してしまう。偶然店に来てしまったトニーはそれを見なかったことにする。

ゲイとはいえ組織の幹部であるヴィトーを殺されたＮＪは報復にシープヘッドベイにあるフィルの店を爆破する。リトル・カーマインの仲裁でＮＹとＮＪの話し合いがなされる。抗争が長引くと稼ぎが減るという結論に双方納得し手打ちがなされるがリトル・カーマインがうっかりフィルの弟のことを持ち出しフィルは怒りを再燃させる。ＮＹでは報復にトニーを殺せという声があがるがフィルはどんなに腹が立っても”ボス”は殺れないと言い、トニー以外の”誰か”を殺ることで話がまとまる。
ジャンバジュースとの正式契約を交わしたトニーはジュリアナに前回のことを侘び食事に誘うがジュリアナは断る。クリスとジュリアナはアルコール依存症の集会で知り合い付き合い始めていた。最初はドラッグ抜きの付き合いだったがしだいにふたりはドラッグに耽って行く。トニーのお手つきということで二人の関係は秘密にされクリスは愛人を連れまわさないのはKaishaという黒人女性だからだと話す
アンソニーはトニーに言われてはじめたバイト先で事務をしている子持ちのプエルトリカン人のブランカに一目惚れをする。
パリでアドリアーナの夢を見てからカーメラはアドリアーナのことが頭から離れない。アドリアーナの母リズが自殺未遂を図り、カーメラはトニーに凄腕の探偵にアドリアーナを探してもらったらどうかと話す。トニーは一度中止にした建築許可の役人の買収を再びシルビオに依頼、建売住宅の件で忙しくなったカーメラは探偵の名刺を捨てる。
バカラはジュニアを訪れ、送られてきたクリスマスプレゼントの金封をジュニアに返す。
結局クリスはトニーにジュリアナのことを話してしまう。トニーはメルフィーにグチを言うがメルフィーはトニーがクリスに何もしなかったことに安堵したと言う。
ＦＢＩのハリス捜査官がトニーに身近な誰かが狙われていると教える。礼を言うトニーにハリスはクリスマスプレゼントだと答える。フィルが心臓発作で倒れ入院する。トニーは自分が撃たれた時の話をしフィルを励ます。
クリスマス、いつものようにトニーの家に親族が集まる。アンソニーはブランカと息子のヘクターを紹介しカーメラとトニーを驚かせる。ブランカが言う。「素敵なおうちですね」。カーメラが答える。「ありがとう素敵でしょ？」