別居中でトニーのいないソプラノ邸にクマが現れる。メンバーを見張りにやらせるがトニーは一度もクマの姿をみることはない。
８０年代の大規模検挙で逮捕された組員が続々と出所することになった。出所メンバーは、ＮＹでは元参謀役のアンジェロ・ガレペ、元幹部のフィル・レオタルド、ＮＪは７０年代の大物ミケーレ・フィーチ・ラ・マンナ、そしてトニーのいとこトニーＢ。
出所したアンジェロを迎えＮＹメンバーとトニーのゴルフラウンド中、ＮＹのボス、カーマインが倒れ昏睡状態になる。
クリスとポーリーは食事代の支払いを巡って険悪になる。しかし争いが得策でないと気付いたふたりは元の関係に戻る。
トニーはメルフィーに花束を贈り患者と医者の関係がなくなったからと強引にメルフィーを口説くがメルフィーはそれを厳しく拒絶。トニーは口汚くメルフィーを罵り部屋を出る。

トニーはマザローネと密会しているレストラン付近に不審なパトカーが止まっていたという報告をパッツィから受ける。トニーはマザローネが隠しマイクをつけていることを疑う。
ＮＹのボス、カーマインが亡くなった。ＮＹではカーマインの息子リトル・カーマインとジョニー・サックのボスの座を巡り対立する。
カーメラ主催のメンバーの妻たちの映画会でアドリアーナは罪の意識からＦＢＩのことを告白しそうになる。
トニーＢの出所パーティが盛大に開かれる。
パーティの後、ふたりはこれからの仕事について話しあう。トニーは盗車からエアバッグをはがす仕事を紹介しようとするがトニーＢはカタギになり理学療法士の資格を取るつもりだと話す。
時々トニーをからかうようなジョークを言うトニーＢにトニーは自分がボスであるということを強く思い知らせる。
マザローネが隠しマイクをつけていることを確信したトニーは長年の付き合いを思い、答えを出すのに逡巡する。結果マザローネに貰ったラットパックの絵を川に投げ捨てる。翌朝、車のトランクに詰め込まれたマザローネの死体が発見される。

トニーＢは理学療法士の資格の勉強をしながらトニーに紹介された韓国人の経営するリネン工場で働きはじめる。
フィーチは通りで植木の剪定をしている植木職人のヴィトロを見つけぼこぼこになぐり、ここは自分の甥の縄張りだと脅す。ヴィトロは警察に解決を求めるつもりだったが、ポーリーが有無を言わさず治療費と仕事のエリアを取り戻すことを請合う。フィーチに交渉に行くポーリーだったがフィーチも譲らない。結局トニーの一声でエリアを半々に分けることになった。
ロレインがリトル・カーマインに上がりを納めていることを知ったジョニー・サックはフィルを使って脅しをかける。
ＮＹとＮＪで話し会いがなされる。トニーはジョニー・サックとリトル・カーマインとアンジェロ・ガレペの三権分立で権力をシェアしたらどうだと提案するがＮＹ側はそれを拒否する。
ジュニアのボケが進んでいる。トニーを怒らせることを何度も言い、トニーは激怒する。マーフが少し目を離した隙にジュニアは家を抜け出しかつて住んでいたところを徘徊する。バカラは心配するがジュニアに腹を立てているトニーは無視を決め込む。ジュニアを診た医者に偶然ゴルフ場で会ったトニーはジュニアの暴言は脳梗塞のせいで本人に何を言ったかの自覚はないと教えられる。

ロレインが殺される。殺ったのはフィルたちだったが命令を出したのはジョニー・サックだった。
アンソニーの成績がこのままでは大学に入れるものではないと学校からトニーたちに呼び出しがかかる。トニーは別居の負い目から成績が上がったらという条件でアンソニーに車を買ってやる。このところアンソニーと上手くいっていなかったカーメラはトニーに張り合うために最初は反対していたアンソニーのニューヨークでの宿泊を許可する。アンソニーと一晩連絡がとれず死ぬほど心配したカーメラは自分の甘い判断で悪い方向に行ってしまわないようアンソニーをトニーに引き取ってくれと頼む。
昔ながらのやり方を通そうとするフィーチは組織の中で浮き始めている。ある時、賭場でトニーが懇意にしている医者の娘の結婚式があると耳に挟んだフィーチは式の招待客の高級車を盗みトニーでなくジョニー・サックの紹介を介して売りさばく。かつてのリッチーのことで教訓を得たトニーは心を痛めながらメンバーの同意を得てフィーチを再び刑務所に送るよう筋書きを立て実行する。クリスとベニーから預かった盗品のプラズマテレビの積まれたトラックを自宅ガレージで保護監察官に発見されたフィーチは逮捕される。

トニーは皮膚がんの可能性のある組織を取り除く。
トニーとアドリアーナは急接近する。危ないムードだったがトニーはなんとか思いとどまる。
トニーはセラピーを再開する。前回のことを謝罪し、アドリアーナのことを話す。衝動のまま行動しなくなったトニーをメルフィーは褒める。
クリスが仕事で留守の時、クレイジーホースを閉めた深夜、アドリアーナとトニーはドラッグを買いに行くことになった。道中、飛び出てきたアライグマをよけようとして事故を起こす。事故のことは噂になりふたりが車で事に及んでいたことになる。仕事を終え戻ってきたクリスの耳にそのことが入る。クリスは激怒し止めていた酒を飲み、トニーに拳銃をつきつける。
カーメラはこのことでトニーをなじる。
トニーはアドリアーナとは何もなかったといい自分を信じるか、それともこれでなにもかも終わりにするか、とクリスに判断をゆだねる。
トニーＢが助け舟を出す。
アドリアーナとトニーを診た医者を呼び出し、アドリアーナの怪我の状態から皆の噂するようなことは絶対ありえないと証言させる。
クリスはそれでやっと納得する。
トニーはメルフィーに手をだしていてもいなくても結果は同じだったよと言う。

トニーＢはリネンの集配の途中でトラックを奪われる。トニーＢの前歴を知っている社長のキムはトニーＢを疑うが後にふたり組みの犯人が捕まりトニーＢに謝罪する。そしてトニーＢの努力を認め、金を貸すから自分の持っている空き店舗で自分の娘と一緒にマッサージパーラーをやらないかと持ちかける。トニーＢはよろこんで話に乗る。
マッサージ師の試験に合格したトニーＢは店の改装を急ぐ。
男だけの生活にうんざりしてトニーと衝突したアンソニーはカーメラのいる家に戻ってくる。
カーメラはアンソニーの成績について進路指導のウエグラーに呼び出される。前々からウエグラーのことが気になっていたカーメラは食事の誘いを受けウエグラーと寝る。ふたりはデートを重ねる。アンソニーの成績は芳しくなくカーメラはウエグラーになんとか便宜を図ってもらえないかと頼む。
ある時トニーＢは偶然大金を拾う。
その金でトニーＢは毎夜ギャンブルにふける。ほとんど寝ないままリネンの仕事、店の改装、子供の世話が連日続きトラブルも重なる。ひとりでなにもかもやってきたトニーＢは開店の三日前になってやっときたキムを殴りマッサージパーラーの話をご破算にする。
ウエグラーは国語教師のトム・フィスクにアンソニーの成績をＣにするように頼むがトム・フィスクはウエグラーに皮肉を言う。ウエグラーはカーメラにしばらく距離を置こうという。何故と尋ねるカーメラに利用されているような気がすると答える。
カーメラはヒューにトニーみたいな人と結婚したから自分は何をやっても裏があると思われると泣く。

トニーは父の墓の前で父のかつての愛人だったフランに出会う。フランとトニーはしばしば会うようになり、フランはヘッシュが自分がもらうはずだったジミーの遺産の取り分の一部を横どりしたと話す。その遺産の取り分にはＮＹのフィルもからんでいてジョニー・サックを含めて話し合いがされるがフィルはなかなか払わない。トニーはフィルをみつけると車を衝突させ金を払うように脅す。
クリスはペンシルバニアのリハビリ施設で一緒だった脚本家のＪＴと同じ断酒会に参加している。互いに励ましあうふたりだったがＪＴはクリスの紹介で賭場に参加しクリスから多額の借金を背負う。再びクスリに手をだしたＪＴはリハビリ施設に戻る。
ジュニアは葬儀のために外出許可が貰えたことに味をしめて新聞で訃報を見るのが日課になった。遠い血のつながりがあるかないかわからない葬儀にも出席できるよう弁護士に手続きを頼むがすべては受け入れられない。ある葬儀でジュニアは大声で泣き出し皆に奇異の目でみられる。病院に連れて行くと一過性の発作かもと言われるがトニーは葬儀ばかりに出席していたら気も滅入るはずだとあきれて言う。
トニーはメルフィーにフランのことを話す。そしてリビアが流産して入院した時にジョニーがフランのところにいてすぐには病院に行かなかったことを思い出す。メルフィーはトニーにリビアを許して前に進まなければ、と言う。

カーメラの父ヒューの７５歳の誕生日のサプライズパーティが行なわれることになった。カーメラは最初トニーに出席を断るがヒューの強い希望でトニーに出席を頼むことになる。
ＮＹとの軋轢を避けたいトニーはフランの遺産の件で衝突させたフィルの車の修理を自分の負担で請け負う。
トニーＢはリトル・カーマイン派のアンジェロとラスティにロレイン殺しの報復としてジョー・ピープスの暗殺を頼まれるがトニーがＮＹとの関係に気を配っていることを知っていて即答を避ける。
ヒューのサプライズパーティに出席したトニーＢは自分とトニーの現在の立場の違いに忸怩たる思いを抱く。そしてＮＹの依頼を引き受ける電話をかける。
トニーとカーメラはパーティの夜プールでいいムードになり一夜を共にする。
娼館から出てきたジョー・ピープスをトニーＢは撃つ。その時ジョー・ピープスの車が動きだしトニーＢは足を轢かれる。

トニーはトニーＢが足を怪我していることに気付く。トニーＢはバーで黒人にからまれたと答える。ジョニー・サックがトニーとゴルフの最中にジョー・ピープス暗殺現場で足を引きずった男をホームレスが目撃したという話をする。トニーは発作を起こす。
カーメラは離婚の手続きをするために弁護士を頼もうとするがＮＪ中の弁護士にトニーの手が回っていて引き受けてもらえない。
金のないフィンのためにメドウはトニーから工事現場のアルバイトを紹介してもらう。フィンは喜んで働くが、ユージーンがリトルポーリーを血まみれにした現場や、ヴィトが男と車にしけこんでいるところに遭遇しすっかり怖気づく。将来のことについてケンカになるフィンとメドウだったがフィンはメドウにプロポーズをし大学院を卒業したら結婚することにする。
ジョニー・サックはジョー・ピープスの件でトニーＢを疑うがトニーは嘘を承知でトニーＢのアリバイを証言する。
トニーはトニーＢに実入りの大きいカジノを任せることにする。トニーＢが出所して以来自分がないがしろにされているとクリスは不満を膨らます。
メルフィーはトニーの発作がトニーＢがらみだということに気付く。トニーはトニーＢが捕まった日、自分が現場にいけなかったのはごろつきにからまれて額を割ったからでなく、リビアと言い争いになり発作が起こり額を切ったからだと真実を打ち明け肩の荷を降ろす。

港に下りるはずの積荷が降りない。ジョニー・サックが荷を独り占めしている。ジョー・ピープスの件の報復だ。
ジャニスはソフィアのサッカーの試合で激昂、保護者に暴力をふるう。バカラは怒りをコントロールするセラピーを受けないと自分たちはもうおしまいだと言う。
パット叔父さんが農場を売って引退するという。クリスはトニーからトニーＢと一緒に農場へ行き埋めた死体を始末するように命令される。最初はトニーＢのことを煙たがっていたクリスだったがトニーＢの協力に感謝し、礼を言う。
しかしトニーが来るとクリスは孤立、狩りの予定を蹴って農場を後にする。
トニーはテレビで見たテロのニュースの話をバダビンでするがそれに異論を唱えたジョージを殴り難聴にさせる。ポーリーから結果を聞いたトニーは最高の医者をつけてやれというがジョージは店を辞めトニーに見舞いに欲しくないと言う。
カーメラは偶然ウエグラーと会う。ウエグラーはあの時は言いすぎたというがカーメラはトニーとよりを戻したからとその場を立ち去る。
ジャニスの怒りをコントロールするセラピーは上手くいっている。トニーはバカラと子供たちの前でジャニスの息子ハーポの話をしつこくしてジャニスを激怒させる。

カーメラのこともあり愛人のヴァレンティーナとの別れを考えていたトニーだったがそんな矢先、ヴァレンティーナはガウンにコンロの火を移しひどいやけどを負う。
アンジェロはトニーＢにジョー・ピープス殺しの報酬を持ってくるがあれはマズいやり方だったと自分たちの判断の後悔を口にする。
買い物帰りのアンジェロはフィルとビリーの兄弟に首を絞められトランクに詰められ拳銃で撃たれ殺される。
グアテマラ人の家政婦にうんざりしたトニーはホテルに移ることにする。ホテルに行く前にトニーＢ宅にカジノのあがりを取りに行ったトニーだったがトニーＢはどこか上の空だった。
ホテルに泊まったトニーはアンジェロが殺られたことをシルビオから聞かされる。刑務所でも親しくしアンジェロを慕っていたトニーＢの報復を恐れたトニーはトニーＢと連絡を取ろうとするが連絡がつかない。
トニーは現実との狭間に落ち込んだような夢を見る。
クリスがホテルにやってきてトニーＢがフィルの弟ビリー・レオタルドを殺ったことを聞かされる。

トニーは今までの自分を詫び、カーメラの提示した四千平米の土地の購入と六十万ドルの前金を支払うことを条件によりを戻す。ヴァレンティーナとは別れる。
クレイジーホースの駐車場に仕掛けられたＦＢＩの監視カメラに殺人事件の証拠となる物品を隠蔽するアドリアーナの姿がうつる。ＦＢＩは捜査妨害で２５年の刑になると脅しマイクをつけさせようとする。マイクを拒否したアドリアーナはクリスを翌九時までに寝返らせることを条件に釈放される。
リトル・カーマインは報復につぐ報復に怖気づきボス争いの座から降りる。ＮＹのボスはジョニー・サックになる。フィルの弟を殺したトニーＢの居所は依然つかめない。ＮＹ側はトニーＢの代わりに誰か別のものを身代わりに差し出せと要求する。
クリスにすべてを打ち明けるアドリアーナ。最初は動揺したクリスだったが落ち着き心配するなといいタバコを買いに表に出る。なかなか帰らないクリスを心配するアドリアーナの元にトニーからクリスが自殺未遂を図って病院に運ばれたと電話がある。迎えに来たシルビオの車に乗るアドリアーナ。しかし車は病院でなく人気のない林の中へ。アドリアーナは始末される。
トニーは逆探知でトニーＢの居所をつきとめる。

ＮＹへのトニーＢの引渡しをトニーが拒んだためクリスが命を狙われる。ベニーがフィルに半殺しにされその上、経済的報復も受けているためＮＪメンバーのトニーへの批判は最高潮に達していた。ＮＹのトニーＢへのリンチを避けさせたいトニーはジョニー・サックにトニーＢの始末は自分につけさせてくれと頼むがジョニー・サックは承知しない。
ジュニアに相談してみるものの全く話にならない。
トニーはメルフィーとのセラピーで今回は自分のミスだと話す。
トニーは逡巡するが、トニーＢの潜伏している農場に行き買い物から帰ってきたトニーＢの頭部をライフルで撃ち抜く。トニーＢは即死する。弟の報復を自分の手で実行したかったフィルは怒り狂う。
翌朝６時半、ジョニー・サックの家でボス同士としての話し合いがなされ、互いに代償を払いあったことを理解したふたりは手打ちとし和解する。しかしその場にＦＢＩが踏み込みジョニー・サックは逮捕される。
トニーはほうほうのていで逃げる。今回の逮捕はＮＹの古参ジミー・ペトリールの密告によるものだった。ジョニーのほかにジミー・ペトリールの部下たちが逮捕される。
将来の見えなかったアンソニーに少しだけ希望の光が見えてきた。