ある朝、目覚めてふと思う。「人生をやり直せたら。オレの人生はもう下り坂だ」。彼の名はトニー・ソプラノ。二つのファミリーを持つ。ひとつは家族そしてもうひとつはマフィアのファミリーだ。
どちらも彼の人生を支えるもので悩みのタネでもある。ふたつのストレスが高じトニーは息子の誕生パーティの日、庭で倒れ、精神科医にかかることになる。
最初は乗り気でないトニーだったがしだいに精神科医のメルフィーに心を開いてゆく。
叔父のアンクルジュニアがトニーの幼馴染のアーティのレストランで暗殺を企てている。カタギのレストランで殺人があれば客足は遠のき店はつぶれる。なんとか暗殺を止めさせようとするが、ジュニアの気はかわらない。事態を避けられないと思ったトニーはシルビオに命令しアーティの店に火をつける。

トニーの知らないところでクリスが面倒を起こしそうだ。相棒のブレンダンと組んでDVDを積んだトラックを襲う。しかしそのトラックはジュニアが用心棒代をとっていた会社のものだった。
トニーに絞られたクリスは二度目の襲撃を断るがブレンダンは再びトラックを襲い、謝って運転手を殺してしまう。
一方トニーの母リビアは火事を起こしたり運転ミスで友達を車で轢いてしまったりする。やとった家政婦もイヤミの連続でやめさせてしまう。このままの一人暮らしは危険だからと病院の命令で強制的にリビアを高級老人ホームに入れるがリビアは怒って一言も口をきかない。リビアの家の片付けをするとニーはふたたび発作に襲われる。

盗まれたトラックを運送会社に返してやったジュニアは当然自分が感謝されると思っていたのに感謝されたのはトラックを持っていたクリスのボス、トニーだった。腹の虫がおさまらないジュニアはリビアの言葉をヒントにブレンダン殺害を思いつく。
現ボスのジャッキーは大腸がんで入院中だ。トニーはシルビオの店の踊り子を病院につれてゆきジャッキーを力づけるが、しだいにジャッキーは衰弱してゆく。
トニーはアーティに店の再建の資金援助を申し出るが、マフィアとの付き合いに反対のアーティの妻は大反対する。

セラピーを受けていることがばれるとまずい立場に追い込まれるトニーはセラピーの中止を申し出る。
しかし妻のカメーラは続けるよう説得しトニーもメルフィに年寄りの扱いを教わりしばらく続けてみる気に変わる。
ジュニアがブレンダンを殺った件で話し合いをするトニーたち幹部。ジャッキーの容態が悪い今、早急にボスをたてる必要があるという。ジュニアを表向きのボスにし、実質のボスはトニーということで全員が一致する。
アンソニーは友人と喧嘩をするが何故か決闘の日、相手は勝負を避け金を払ってひきさがる。不思議に思ったアンソニーはメドウに尋ねる。メドウはトニーがマフィアであることを話す。
ジャッキーが亡くなる。

娘のメドウの大学の面接のため運転手として付き合うトニーは道中メドウに尋ねられマフィアであることを認める。メドウもクスリのことを打ち明け二度としないの約束と共にお互いを理解しあう。
ガソリンスタンドで給油中、トニーはかつて組織を裏切り仲間を売り今はFBIの証人プログラムで保護されて身を隠している男を見かける。車のナンバーを調べ本人と確信したトニーはメドウが面接中、裏切りものを抹殺する。
カメーラは尋ねてきた神父と一晩明かすがなにごとも起こらず夜が明ける。

毎夜メルフィの夢を見るようになるトニー。いつしかメルフィーに惹かれていることに気づく。トニーは賄賂をやっている刑事のヴィクにメルフィーの私生活について調べさせる。無理やりメルフィーにキスをしたトニーはメルフィーにそういう気持ちはセラピーの途中経過でよくあることで、愛や恋とは無関係だと指摘される。
リビアは相変わらずジュニアを使ってトニーを困らせようとばかりする。
新ボスになったジュニアはやりたい放題で、下からの反感をかっている。トニーはジュニアに皆に愛されるボスになるように説得する。

アンソニーが学校の礼拝堂に忍び込み正餐用のワインを飲み酔っ払って体育の授業に出た。トニーとカメーラは学校に呼び出されアンソニーに「注意力欠陥障害」の疑いがあると告げられる。アンソニーは３日の停学になる。
トニーはアンソニーのこのような資質は自分の家系の血筋にあるのではないかと思い悩むがメルフィーは人には自由意志というものがあると否定しトニーを元気付ける。
アンソニーは停学中の罰としてリビアの見舞いに行くがトニーがセラピーを受けていることを話してしまう。リビアはトニーがセラピーで自分の悪口を言っていると思い込み腹を立てる。

近々FBIの大掛かりな手入れがあると情報を入れたトニーたちは証拠品をリビアのホームに隠す。
クリスは手入れ関係のニュースでブレンダンの名前すら出たのに自分は無視されていることにイラだち、エミール・コーラーの死体を掘り返したり、パン屋の店員を撃ったりする。
リビアがジュニアにトニーがカウンセリングを受けている話をしてしまう。

メドウの所属するサッカーチームが快進撃を続けている。このままでいけば地区大会優勝も夢でない。同じチームに娘を所属させているアーティとシルビオと共にトニーはコーチの労をバダ・ビンでねぎらう。コーチの移籍話が持ち上がりトニーたちはなんとか引きとめようとするがメドウたちの様子がおかしい。コーチはチームのエース、アリーと肉体関係にありそのことで悩んだアリーは自殺未遂を図っていた。
トニーもシルビオもアーティも激怒し一時は制裁を考えるがアーティの説得で中止し警察の手にゆだねることにする。

アドリアーナと芝居鑑賞に出かけたクリスはハンバーガー店でラッパーのマッシブと遭遇する。クリスがトニーの組織の者と知ったマッシブはヘッシュとの話し合いの席を設けるよう要求。ヘッシュは６０年代のマッシブの遠いいとこのヒット曲プロデュースをしていてそれの印税搾取をしていたという。マッシブは損害賠償を請求する。
アドリアーナは音楽プロデュースが夢で目をつけているバンドがある。クリスは協力を約束しヘッシュとの話し合いの席を設けた貸しからマッシブにそのバンドをみてもらう。
しかしマッシブが興味があったのはバンドでなくアドリアーナだった。そのことを指摘されたアドリアーナは怒りクリスのところを出てゆく。

ジミーの店にFBIの手入れが入り、プッシーとジミーが逮捕された。プッシーはすぐに釈放されるがヴィンはプッシーがFBIと内通しており隠しマイクをつけているという。トニーはポーリーにプッシーから目を離さないよう指示し、マイク着用の証拠をつかむよう命令する。
ヴィンが内部監察課に逮捕された後、発作的に自殺する。ジミーは釈放され、その言動からトニーは内通者はプッシーでなくジミーだと確信する。黒髪で大柄の共通する容貌でヴィンが間違えたのだととりあえずほっとするがプッシーは姿を消し戻ってこない。

プッシーが姿を消してからトニーの鬱が激しくなる。一日中部屋にこもりきりで朦朧としている。そんな折、トニーは隣家のクザマーノ邸に美しいイタリア人留学生の姿をみかける。セラピーの帰り道偶然留学生に遭遇したトニーは一緒に食事をし幸福なひとときを過ごす。
ジュニアは黒人をつかってトニー暗殺を企てる。しかし暗殺は失敗し犯人のひとりは死亡する。トニーは軽い怪我をして病院に入院。車強盗だと証言するがFBIは証人保護プログラムを受け内部捜査に協力するよう要請する。トニーは断る。
この事件をきっかけにトニーは鬱を脱出し精気を取り戻す。隣の留学生はトニーのみた幻想だった。

ジミーはジュニアの命令で始末される。
リビアは見舞いに来たアーティにトニーがアーティの店を焼いたことを話す。アーティは激しく怒りトニーに銃を向けるがトニーはリビアはアルツハイマーだからと否定する。
メルフィーはトニーにリビアが境界性人格障害で、それはトニーの命を脅かす危険なものだと忠告するがトニーに激昂される。トニーはFBIにリビアがトニー暗殺にかかわっていた証拠のジュニアとの会話テープを聞かされる。
ジュニアは詐欺容疑で逮捕され自分がお飾りのボスであったことを知らされる。